Merkle root är den sista noden i ett Merkleträd. Det är en hash som inkluderar alla andra hash i trädet. Om en enda hash ändras i ett träd, kommer denna förändring att slå igenom uppåt, vilket förändrar Merkle-roten helt.
Merkle rötter används i Bitcoin som effektiva åtaganden för stora datamängder. Merkle-roten för alla transaktions-ID:n (txids) i ett block ingår i blockhuvudet, så att om Merkle-roten ändras görs Proof-of-Work ogiltigt. Denna inställning säkerställer att när ett block har publicerats kan ingen transaktion inom blocket ändras. Merkle-roten av alla SegWit-txids (wtxids) ingår i en utdata från coinbasetransaktionen för att säkerställa samma nivå av oföränderlighet för SegWit-transaktioner. Merkle-rötter används också av MAST-skript för att skicka bitcoin till flera olika skript.